Pada 1 September 2005, United States Computer Emergency Readiness Team mengeluarkan nasihat mengenai Miniclip:

Kawalan Retro64 / Miniclip CR64 Loader ActiveX mengandungi kerentanan overflow buffer. Ini memungkinkan penyerang jarak jauh yang tanpa pengesahan untuk melaksanakan kod dengan sewenang-wenangnya pada sistem yang terdedah.... Walaupun kawalan ActiveX tidak lagi digunakan oleh retro64.com atau miniclip.com, sistem apa pun yang telah menggunakan halaman tertentu di web ini laman web pada masa lalu (sebelum bulan September, 2005) mungkin terdedah.[7]

Pada tahun 2006, beberapa firma keselamatan melaporkan bahawa beberapa pengguna Miniclip telah memasang "miniclipgameloader.dll" yang mengandungi kod bermusuhan yang dikenal pasti sebagai "Trojan DownLoader 3069".[8] Pada tahun yang sama, muat turun lain yang berkaitan dengan Miniclip memasang perisian berisiko "Risiko Tinggi" yang disebut "Trojan-Downloader.CR64Loader".[9]